Dokumenty pergaminowe to świadectwa spisane o charakterze prawnym, zredagowane według określonych formuł. Tak jak w każdym archiwum, w Archiwum kapitulnym na Wawelu jest to zbiór najważniejszy; on niejako formował i instytucjonalizował archiwum kapitulne. Trzeba podkreślić, iż archiwum kapitulne to głównie archiwum odbiorcy stąd znajdujący się w nim zbiór pergaminów zawiera dokumenty wystawione przez papieży, książąt, królów, biskupów, etc i przechowywane przez prałatów i kanoników katedralnych. Niektóre dokumenty budziły powszechne zainteresowanie poprzez swą treść odnoszącą się do historii kościelnej czy państwowej w dzisiejszym tego słowa znaczeniu.

    Aktualnie AKKK przechowuje ponad 1000 pergaminów, spajających ponad 800 lat historii. Ponad połowa (ok. 600) to dokumenty średniowieczne.

    Poniżej przykłady niektórych dokumentów:

D. perg. 28
Asyż, 17 września 1253 r.
Littera canonizationis beati Stanislai
Papież Innocenty IV, kieruje do całego Kościoła powszechnego (adresuje do wszystkich zwierzchników kościołów i klasztorów) dokument w sprawie dokonanej kanonizacji św. Stanisława Biskupa i Męczennika.
Dokument opatrzony pieczęcią ołowianą zwaną bullą (na rewersie: głowy apostołów Piotra i Pawła, wewnątrz krzyż i napis „S[anctus]PA[ulus]”, „S[anctus]PE[trus]”, na awersie imię papieża: INNOCENTIUS PP IIII), zawieszoną na sznurku jedwabnym czerwono-żółtym.
Oryginał, j. łac., pergamin o wymiarach 640 x 505 + 34 mm

D. perg. 188
Krewo, 14 sierpnia 1385
Akt unii polsko-litewskiej w Krewie: Ratyfikacja układów o małżeństwo Jagiełły i Jadwigi
Dokument dotyczy warunków zawarcia planowanego małżeństwa między Jadwigą , królem Polski, a Jagiełłą, wielkim księciem litewskim. Ostatni warunek brzmi: „w końcu ten książę Jagiełło przyrzeka także ziemie swoje Litwy i Rusi przyłączyć (applicare) wieczyście do Korony Królestwa Polskiego”.
Oryginał, j. łac., pergamin o wymiarach 330 x 223 + 39 mm

D. perg. 1184
Kraków, 28 lipca 1543 r.
Piotr Gamrat, arcybiskup gnieźnieński i biskup krakowski potwierdza ustanowienie przez króla Zygmunta I Kolegium Rorantystów w katedrze krakowskiej i uposażenie czynszami na żupach wielickich i bocheńskich, cle krakowskim i dobrach ziemskich z podkrakowskich wsi.
Oryginał, j. łac., pergamin o wymiarach 442 x 324 mm.
Poszyt złożony z 10 kart, wzdłuż grzbietu przeciągnięty złoty sznur, na którym zawieszono pieczęć biskupa Piotra Gamrata

D. perg. 1191
Kraków, 8 marca 1964 r.
Karol Wojtyła arcybiskup metropolita krakowski reorganizuje Krakowską Kapitułę Katedralną.
Oryginał, j. łac., pergamin o wymiarach 328 x 387 mm, z własnoręcznym podpisem Karola Wojtyły arcybiskupa metropolity krakowskiego.